Бактерије већ дуго служе као индикатори квалитета воде за пиће или за рекреацију. Њихово присуство је од изузетног значаја. Историјски гледано, фекалне колиформне бактерије су најчешће коришћене индикаторске бактерије у површинским водама. Фекалне колиформне бактерије се нормално налазе у танком цреву човека и других топлокрвних животиња. Оне нису обавезно и опасне, али најчешће указују на присуство опасних бактерија и вируса који се налазе у отпадним водама. E. coli, коју најчешће повезујемо са људским излучевинама, је заменила друге фекалне колиформе као индикаторска бактерија за слатке воде у Тексасу.
Присуство фекалних колиформа или E. coli је обично повезано са неадекватно третираним отпадним водама, неправилно обрађеним животињским отпадом са сточарских фарми, неправилно изграђеним септичким системима, кућним љубимцима у градским срединама, као и дивљим животињама – птице и сисари, које су или акватични организми или се гнезде близу вода (на пример, птице које се гнезде испод мостова).
